研究
先端医学研究所
平成8年度（1996年度）政府予算私立大学・大学院等教育研究装置等施設整備費の中にハイテク・リサーチ・センター整備事業（現：文部科学省私立大学戦略的研究基盤形成支援事業）が新設され、本学より提出された構想調書「兵庫医科大学で発見されたIGIF（IL-18）の生体防御における役割と疾病への関与の解明」が同事業に選定されました。その受け皿として、1997年4月1日、先端医学研究所が生体防御システム研究部門（1998年9月、 生体防御部門と改称）1部門をもって発足しました。
1998年には、学術フロンティア推進事業（現：文部科学省学術研究高度化推進事業 学術フロンティア推進事業）に選定された「家族性腫瘍部門」が同研究所に新たに設置されました。さらに、1999年および2000年には、「発生・生殖部門」と「細胞移植部門」がハイテク・リサーチ・センター整備事業に選定され、同研究所は4部門に増設されました。
2005年度には先端医学研究所の抜本的改革を目標に、本学の今後の臨床研究の発展に必須の研究領域として、「細胞・遺伝子治療部門」および「神経再生研究部門」が同研究所に新たに設置され、一般公募により研究所教授（任期制）が選出され、平成18年度（2006年度）社会連携研究推進事業に選定されました。
「家族性腫瘍部門」と「発生・生殖部門」はプロジェクトの補助期間の終了に伴い、その役割を終え、2007年度と2008年度をもってそれぞれ終了しました。一方、「細胞移植部門」は平成20年度（2008年度）文部科学省私立大学戦略的研究基盤形成支援事業に選定され、継続が決定しました。
2009年10月には、公募により選出された研究所教授（任期制）による、「アレルギー疾患研究部門」が新たに設置され、平成22年度（2010年度）文部科学省私立大学戦略的研究基盤形成支援事業に選定されました。
2010年度、「細胞・遺伝子治療部門」および「神経再生研究部門」は任期5年目を迎えましたが、本学の再審査の結果、両部門の継続が承認されました。一方、研究所設立当初からの「生体防御部門」は2010年度をもって終了しました。
2018年度には、新しい医薬製剤や治療法の開発を目標とした「医薬開発研究部門」が新たに設置されました。一方、「細胞移植部門」および「アレルギー疾患研究部門」は、研究活動主体が講座に移行しており、2018年3月末に部門長の任期満了を迎えたことから廃止となりました。
2021年度、先端医学研究所全体のさらなる飛躍を目標にその改革が行われ、「分子細胞治療部門」と「未来医療開拓部門」が新たに設置されました。また、それに伴い、「細胞・遺伝子治療部門」と「医薬開発研究部門」が廃止されました。
2022年度、「分子遺伝治療学部門」が追加され、現在は4部門となりました。
先端医学研究所は医科大学の中でもユニークな存在感を示しており、その組織としての充実と各部門の活動により本学全体の研究レベルが向上することが期待されています。